2050年、太陽が自らのコントロールを失い、膨張。このままでは、地球に到達する太陽の異常爆発（フレア）が発生し、地球は蒸発してしまうという危機に瀕していました。そこで、ISO（国際宇宙機構）は、反物質爆弾を太陽に打ちこみ、フレアを地球とは離れたところで発生させ、太陽を正常に戻すミッションを立案します。このミッションは、スティーブ・ケルソ大佐率いる宇宙船ヘリオスのクルーによって、実行に移されます。生きて帰ることができるかどうかわからない過酷なミッション。さらに、AIを搭載した反物質爆弾フレディを太陽に打ちこむためには、フレディを積んだ探査船ラーに誰かが乗り込み命を犠牲にしなくてはなりません。クルーの中には、日本人パイロットのケン・ミナミ、女性科学者でバイオジーン（遺伝子の純粋培養で生まれた人造人間）のアレックス・ノフらがいました。
ヘリオスが宇宙ステーションスカイタウンから出発しようとしているころ、地球では、スティーブの息子のマイクが、スティーブに会うために士官学校を脱走。マイクは、操縦する小型飛行艇が墜落した後、砂漠で謎の男トラビスに救われ、トラビスとともに宇宙空港レッドサンズを目指していました。
マイクが士官学校を脱走した後の足どりがつかめないため、スティーブの父でマイクの祖父スキート・ケルソ提督がスカイタウンから地球に降り立ち、マイクの捜索を開始します。
マイクとトラビスは、砂漠のオアシスの店で水を飲んでいるときに、ころがりこんできた瀕死の男からIXL（アイエクセル）社がヘリオスのミッションを妨害する工作を働いていることを聞きます。穀物コングロマリットのIXL社の会長ティーグは、太陽の膨張による地球の危機を自身のビジネスチャンスにしていました。マイクは、妨害工作のことをヘリオスに知らせようとしますが、ティーグにつかまってしまいます。
スカイタウンから太陽に向けて出発したヘリオス船内では、妨害工作により数々のトラブルが発生。乗組員の緊張は限界に達しようとしていました。そして、反物質爆弾フレディの起爆装置のカウントダウンまで始まってしまいます。カウントダウンを止めたのは、アレックスでした。アレックスは、IXL社によって遺伝子を操作され、意思に反して妨害工作を働くようにしむけられていたのです。この事件で、ラーの乗員に志願していたケン・ミナミは、重傷を負いました。反物質爆弾フレディを太陽に打ちこむためにラーに乗りこむアレックス。
地上では、スキートがマイクの捜索を続けています。
地球の運命は、今、アレックスにかかっていました。また、マイクは無事にスキートに救われるのでしょうか。ストーリーは、クライマックスへ向けて、いっきに加速していきます。